Aéreas:
El Municipio de Mocoa actualmente no cuenta con aeropuerto; existen dos muy cercanos: Aeropuerto de Cananguchal a 20 minutos ubicado en el municipio de Villagarzón y a 2 horas se encuentra el aeropuerto 3 de mayo ubicado en el Municipio de Puerto Asís.
Terrestres:
La Ruta Nacional 45 o Troncal del Magdalena es un importante corredor de la Red Nacional de Vías de Colombia, planeado para cubrir el trayecto entre el puente de San Miguel (en la frontera con Ecuador). En el 2002 fue inaugurada su construcción y pavimentación del trayecto de la carretera Mocoa - Pitalito, pues hasta ese momento no existía; esta carretera saco a Mocoa y al Putumayo del aislamiento en que estaba sumergido hacia el interior del país, siendo uno de los anhelos más grandes por los habitantes del departamento. Por esta vía se puede llegar a Neiva y Bogotá, siendo en la actualidad la principal arteria vial y de acceso al Departamento, pasando por el Departamento del Huila.
Distancia a otras ciudades:
Mocoa - Pitalito: 134 Km;
Mocoa - Neiva: 312 Km;
Mocoa - Bogotá: 611 Km;
Mocoa - Puerto Asís: 88 Km;
Mocoa - Medellín: 917 Km;
Mocoa - Puente internacional de San Miguel: 187 Km;
Mocoa - Nueva Loja, Ecuador: 213 Km;
Mocoa - Quito, Ecuador: 478 Km;
Mocoa - Guayaquil, Ecuador: 871 Km.
Y a su vez cuenta con una carretera hacia el occidente que va hacia el departamento de Nariño, se encuentra en pésimas condiciones y es la Pasto - Mocoa; pero que se encuentra pavimentado el trayecto entre San francisco y Santiago y se encuentra en proceso de pavimentación de 5 Kilómetros, en el trayecto Santiago el Encano.
Mocoa - Pasto: 146 Km.
Variante Mocoa - San Francisco en construcción 2012 42 Km en la cual se construyen 46 viaductos. En dicho sector se encuentran constituidos las Reservas Forestales de la Amazonía, de la Biósfera y de la Cuenca Alta del Río Mocoa que deben ser protegidas para impedir que el hombre siga destruyendo el Medio Ambiente Andino Amazónico Putumayense catalogado como el Pulmón de la Humanidad.
La Megaminería se aproxima para ingresar al Putumayo, las comunidades Campesinas, Indígenas, Afrodescendientes y comunidad en general vamos a impedir que las Multinacionales se instalen en este territorio rico en biodiversidad y se prevé un fuerte y grave daño al ecosistema que tenemos que impedir.
